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DNA Färbung

Wolfgang Nellen
Posted: 13. January 2009 um 11:10 Uhr
Avatar von Wolfgang Nellen

Administrator

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Total Posts:: 148
Joined:
15. Jul. 2008

Das Arbeiten mit DNA ist in vielen Schülerlaboren eine Selbstverständlichkeit, aber bisher hat sich noch keine einheitliche Handhabung für die DNA-Färbung durchgesetzt. Da die herkömmliche Methode der Färbung mit Ethidiumbromid im Schulunterricht und Schülerlabor eher kritisch zu betrachten ist, möchten wir hier einige Alternativen beschreiben:

1) Färbung mit Ethidiumbromid aus der Dropper Bottle
Für die Färbung von DNA in Agarosegelen verwenden wir neuerdings eine vorbereitete Ethidiumbromidlösung (0.07%) von Applichem (Nr. A 2273.0015) aus einer Dropper Bottle (15ml). Dies vermeidet das Pipettieren von Ethbr.-Lösungen. Der Farbstoff wird der Agaroselösung nach dem Aufkochen, d.h. vor dem Gießen des Gels, zugesetzt. 
1 Tropfen der Lösung für 50 ml Gel genügt für eine gute Färbung auch kurzer DNA-Abschnitte.

2) Färbung mit SYBR Green
Bei DNA Färbungen mit SYBR Farbstoffen beeinflusst die Konzentration das Laufverhalten. Es ist darauf zu achten, dass alle Proben auf einem Gel mit dem selben Mix aus Ladepuffer und SYBR versetzt werden - sonst können gleichgroße Fragmente unterschiedlich laufen! SYBR Farbstoffe können auch auf dem „Darkreader“ (z.B. Mobitec) sichtbargemacht werden. Dieses Gerät ist preisgünstiger, robuster und hat eine weniger gefährliche Strahlung als die üblichen UV-Boxen.

3) Färbung mit GelRed
GelRed der Firma Biotium wird in einer Konzentration von 5µl auf 100ml Agarosegel-Lösung in 0,5x TBE Lösung direkt in das Gel nach dem Aufkochen zugegeben. Es zeigt keine mutagene Wirkung im Ames Test im getesteten Dosisbereich. Die Auftrennung sollte etwas länger erfolgen als bei Ethidiumbromid Färbung, da sonst bei komplexen Fragmentgemischen die Banden verwischen. Ansonsten ist es in der Handhabung identisch zu Ethidiumbromid und benötigt keinen zusätzlichen Filter.

Heike
Posted: 26. January 2009 um 09:43 Uhr
Avatar von Heike

Newbie

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Total Posts:: 1
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15. Dec. 2008

Wir haben bei uns als Alternative zur Ethidium-Bromid Färbung die Färbung mit Methylenblau getestet (Roti-Methylenblau Färbekonzentrat sowie selbst hergestelltes Methylenblau (0,02% in Aqua dest.)) - wenn man die Inkubationszeiten (30 min Färbung und 30 min Entfärbung (in Aqua dest.) toleriert, bekommt man vergleichbar gute Ergebnisse wie mit Ethidium-Bromid.

 

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